Die Fachmaturität ist gemäss dem kantonalen Fachhochschulgesetz eine zwingende Voraussetzung für ein Studium an einer Fachhochschule und erlaubt das Studium an allen Fachhochschulen der Schweiz. Die Fachhochschulen können die Zulassung zum Studium von weiteren Bedingungen, zum Beispiel vom Bestehen von Assessments oder Eignungsabklärungen abhängig machen sowie zusätzliche Praktikumserfahrungen vorschreiben, insbesondere dann, wenn das angestrebte Studium nicht dem absolvierten FMS-Profil entspricht.

Die Fachmaturität Gesundheit und Naturwissenschaften im Berufsfeld Gesundheit ermöglicht den prüfungsfreien Eintritt in ein Pflegestudium an der ZHAW Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften in Winterthur.

Die Fachmaturität Pädagogik ermöglicht den prüfungsfreien Eintritt in die Ausbildung zur Primarlehrerin beziehungsweise zum Primarlehrer an der Pädagogische Hochschule Zürich (PH ZH) sowie allen anderen Pädagogischen Hochschulen der Schweiz.

Schülerinnen und Schüler aus allen Profilen können nach der FMS-Abschlussprüfung prüfungsfrei in das zweite Jahr der dreijährigen Gymnasiumsausbildung der Kantonalen Maturitätsschule für Erwachsene Zürich (KME) übertreten und dort eine gymnasiale Maturität erwerben, falls der Notendurchschnitt im Zeugnis des ersten Semesters des dritten FMS-Jahres mindestens 4.5 beträgt.